與之前的寶可夢(mèng)系列游戲相似,本作遵循線性的故事線;主要?jiǎng)∏橐约榷ǖ捻樞虬l(fā)生。游戲的主角是一位生活在化朗鎮(zhèn)的年輕人,同自己的鄰居赫普一起以成為憧憬的冠軍而開(kāi)始了冒險(xiǎn)。在游戲之初,主角可從炎兔兒、敲音猴和淚眼蜥中選擇一只作為自己的初學(xué)者寶可夢(mèng)。從冠軍丹帝處拿到了推薦函后,主角將向各地的道館發(fā)起挑戰(zhàn)。主角的主要目標(biāo)是獲得伽勒爾地區(qū)的八枚道館徽章,挑戰(zhàn)聯(lián)盟的冠軍丹帝以通關(guān)。在道館挑戰(zhàn)的旅途中,麻煩集團(tuán)吶喊隊(duì)會(huì)不斷冒出來(lái)阻撓主角。他們?yōu)榱俗尙斃巧瞎谲妼氉袆?dòng),會(huì)對(duì)其他挑戰(zhàn)者做出占據(jù)旅館、搶奪交通工具、在對(duì)戰(zhàn)中大呼小叫等種種妨礙道館挑戰(zhàn)的行為。